MySQL のバージョンをあげる際、オプションが変わっていたりした。

5.5 からは

character-set-server=utf8mb4

utf8mb4は MySQL 5.5.3 で対応した 4バイトUTF-8 キャラクタセット。

ちなみに [client] のオプションはそのままだそうな。

[client]
default-character-set=utf8mb4

こちらは 5.1.3 で変わっている模様。以下の様にしましょう。

table_open_cache=512

5.1 からは、ファイル名とフラグで管理する様だ。

general_log=1
general_log_file=/mysql/logs/mysql.log

こちらも同様に、5.1 からはファイル名とフラグで管理する。

slow_query_log = 1
slow_query_log_file = /mysql/logs/slow.log
long_query_time =1

とりあえずぶちあたったのはこれら。